南京中医药大学翰林学院始建于2002年3月、2005年5月被教育部批准为独立学院。2010年9月、学院移址素有“文昌水秀、祥泰之州”之誉的苏中历史名城泰州市办学、坐落在国家医药高新技术产业开发区内、为首家进驻中国医药城的全日制本科院校、也是全省高等教育综合改革试点独立学院之一。