福州市医疗保险管理中心于2000年10月成立，主要承担福州市市本级城镇职工与城镇居民基本医疗保险基金收支管理、国家机关公务员医疗补助、职工生育保险、对定点医疗机构和定点零售药店实施监管及对各县(市)和马尾区医保经办机构进行业务指导等工作。
市医保中心内设办公室、稽核科、信息科、基金管理科、费用审核科和参保管理科，现有人员编制92人。2012年底市编委同意福州市医疗保险管理中心设立四城区分中心，鼓楼分中心设在市医保中心(古田路128号劳动大厦)的一层和二层;仓山分中心于2013年2月25日入驻仓山区行政服务中心(闽江大道238号)对外办公;台江分中心于2015年2月16日入驻市民服务中心(高桥路69号)对外办公;至此，实现医保业务同城通办，为群众办事提供了极大便利。
目前，福州市建立了“职工基本医疗保险+大额医疗费用补充保险+个人账户购买商业补充产品”和“城镇居民基本医疗保险+大病保险”的多层次医疗保险体系，医保报销范围涵盖了住院、普通门诊、门诊特殊病种和大病保险，实现了“保基本、多层次、可持续”的目标，促进了社会和谐与稳定。
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