辖有公立医疗卫生单位22个，其中二级甲等医院有三家，为县人民医院、中医院、妇幼保健院;公共卫生单位3个，为县疾病预防控制中心、卫生监督所、县皮肤病防治院;一级医疗机构15家，其中城市社区卫生服务中心1家，镇卫生院14家。开放床位1697张。
现有卫生专业技术人员2650名，研究生学历28人，本科学历718人，高级职称176人，中级职称742人，入选江苏省“333”工程第三层次培养对象3名。
县人民医院普外科、消化科、肿瘤内科、心血管内科、麻醉科、妇产科，县中医院康复科、针推科、肝病科、肛肠科、骨伤科，妇幼保健院妇科等12个学科为扬州市重点专科。
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